Sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi,sejarah perkembangan UIN Jakarta tidak bisa dilepaskan dari sejarah perkembangan perguruan tinggi Islam di Indonesia dalam menjawab kebutuhan pendidikan Islam secara modern.
Pendirian UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berawal dari dibentuknya Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) sebagai akademi dinas Departemen Agama pada tanggal 1 Juni 1957. Pendirian ADIA ini dimaksudkan untuk mendidik dan mempersiapkan pegawai negeri guna mencapai ijazah pendidikan akademi dan semi akademi agar menjadi ahli didik agama pada Sekolah Menengah Umum, Sekolah Kejuruan dan Sekolah Agama.
Dalam perkembangan selanjutnya, Tahun 1960 ADIA bergabung dengan PTAIN (Perguruan Tinggi Agama Islam) yang berada di Yogyakarta menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyah. ADIA menjadi IAIN cabang Jakarta dengan dua fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Adab, setelah menjadi IAIN cabang Jakarta, mahasiswanya tidak lagi terdiri dari mahasiswa ikatan dinas (Pegawai tugas belajar) saja tetapi juga menerima mahasiswa bebas. Pada tahun 1962 dibuka Fakultas Ushuluddin yang merupakan metamorfosis dari Jurusan Dawah wal Irsyad (Jurusan Imam Tentara), seiring dengan dibukanya Fakultas Ushuluddin IAIN Cabang Jakarta kemudian berdiri sendiri menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyah Syarif Hidayatullah Jakarta. Tanggal 25 Februari 1963 IAIN cabang Jakarta menjadi IAIN al Jamiah al Hukumiyyah Syarif Hidayatullah Jakarta.
Pada Tahun 1988, dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Agama RI No. 15 Tahun 1988, IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta terdiri dari fakultas-fakultas: Tarbiyah, Adab, Ushuluddin, Syariah, Dakwah di Jakarta dan Fakultas Tarbiyah di Pontianak. Dalam perkembangan Selanjutnya berdasarkan Keputusan Presiden RI No.11 tahun 1997 tentang Perubahan Status Fakultas Daerah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN), maka Fakultas Tarbiyah Pontianak berdiri sendiri sebagai STAIN Pontianak dan IAIN Jakarta tidak lagi mempunyai kelas jauh diluar kampus Ciputat.
IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta sebagai salah satu IAIN tertua di Indonesia, dan bertempat di Ibu kota Jakarta, juga menempati posisi unik dan strategis, tidak hanya sebagai Jendela Islam di Indonesia, tetapi juga simbol bagi kemajuan pembagunan nasional khususnya di bidang pembangunan keagamaan oleh karena itu IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta tidak pernah berhenti berkembang untuk menjadi lembaga pendidikan tinggi Islam yang terkemuka.
Pada tahun akademik 1998/1999. dibuka jurusan Psikologi dan Matematika pada Fakultas Tarbiyah serta jurusan Ekonomi dan Perbankan Islam pada Fakultas Syariah. Tahun akademik 2000/2001 dibuka Program Studi Konversi IAIN menjadi UIN yang terdiri dari Program Studi Agribisnis (Sosial Ekonomi Pertanian), Sistem Informasi, Teknik Informatika, Manajemen dan Akuntansi. Tahun Akademik 2001/2002 jumlah Fakultas bertambah dengan dibukanya Fakultas Psikologi (metamorfosis dari jurusan Psikologi pada Fakultas Tarbiyah) dan Fakultas Dirasah Islamiyah ( kelas khusus dengan sistem Al Azhar) . Pembukaan program studi baru tersebut, terutama program studi ilmu-ilmu umum merupakan langkah yang signifikan dan merupakan salah satu upaya menuju perubahan IAIN Jakarta menjadi universitas.
IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta resmi menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan terbitnya Keputusan Presiden RI No. 031 Tanggal 20 Mei 2002. Keppres itu menjadi landasan legalitas formal perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.
Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta pada saat itu terdiri dari 9 fakultas yaitu: Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, Fakultas Adab dan Humaniora, Fakultas Ushuludin dan Filsafat, Fakultas Syariah dan Hukum, Fakultas Dakwah dam Komunikasi, Fakultas Dirasat Islamiyah, Fakultas Psikologi, Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial, Fakultas Sains dan Teknologi, dengan jumlah jurusan/prodi sebanyak 41 dengan bidang studi ilmu-ilmu umum dan ilmu-ilmu agama.
Untuk mengetahui sejarah lengkapnya kalian bisa lihat di link berikut
Anindita
